Barokowy kościół św. Antoniego powstał w latach 1685–92 pod kierunkiem Mathiasa Bienera wg projektu nieznanego architekta włoskiego. Był świątynią powstałego nieco wcześniej klasztoru franciszkanów reformatów. Wyposażenie ukończono w 1710 r., kiedy kościół konsekrowano. W wyniku eksplozji wieży prochowej w 1749 r. zawaliły się sklepienia budynku i zostały uszkodzone ołtarze. Świątynię odbudowano do 1753 r. W 1792 r. klasztor i kościół przejęły elżbietanki, które prowadziły tu szpital, bardziej pożądany przez władze pruskie. W 1946 r. pojawili się salezjanie, od 1987 r. kościołem zarządzało duchowieństwo diecezjalne, zaś od 1998 r. paulini. Obecnie patronem parafii jest św. Mikołaj, nawiązując do zniszczonej w 1945 r. świątyni na Przedmieściu Mikołajskim (Szczepinie), ale sam kościół zachował tradycyjne wezwanie. Od 2014 r. znajduje się tu Sanktuarium Jasnogórskiej Matki Kościoła.
Świątynię wzniesiono jako pierwszą w stylu barokowym we Wrocławiu i stała się wzorem dla wielu późniejszych kościołów, wznoszonych w tym stylu na całym Śląsku. Architektura nawiązuje do rzymskich kościołów epoki kontrreformacji na czele z jezuickim Il Gesu. Umieszczono ją w linii już istniejącej zabudowy, co jest rzadkością w mieście. Zwrócona do ulicy fasada posiada zdwojone pilastry, zwieńczona jest wolutowym szczytem i trójkątnym naczółkiem, a po bokach szczytu znajdują się dwa obeliski. Kwadratowa wieża znajduje się w głębi i jest na tyle niska, że trudno ją dostrzec z ulicy. Nad portalem znajduje się figura św. Antoniego z Padwy. Nad furtą prowadząca do klasztoru umieszczono medalion w akantowej ramie z wizją św. Antoniego.
Halowe wnętrze z emporami jest pierwszym tego typu na Śląsku i umożliwia pomieszczenie większej ilości wiernych. Nawa ma sklepienie kolebkowe, po bokach znajdują się 3 pary płytkich kaplic. Monumentalny łuk tęczowy oddziela węższe prezbiterium, stoi przy nim klasycystyczna ambona z ok. 1795 r. z nagrobkiem hrabiego Juliusa Ferdinanda von Jaroschina (zm. 1697) i jego żony Anny Teresy (zm. 1700). Obok wisi marmurowe epitafium Pani von Hautois und Brunne (zm. 1734).
Od zachodu znajduje się kaplica loretańska (obecnie św. Elżbiety). Oryginalne wyposażenie z pocz. XVIII w. zachowało się częściowo, ołtarz główny i boczne – cztery w kaplicach zachodnich i jeden we wschodnich. Rzeźby przypisywane są Johannowi Urbansky’emu i Christophowi Königerowi, zaś obrazy – Antonowi Polckemu i Johannowi Lischce.
W ołtarzu głównym znajduje się obraz Wizja św. Antoniego Padewskiego z 1699 r. autorstwa wybitnego malarza Michaela Willmanna z unoszącym się nad świętym z przesłaniem miłości Dzieciątkiem Jezus. Artysta pozostawił miniaturowy podpis na kartce papieru wystającej z jednej z książek na stole, co odkryto dopiero na współczesnych fotografiach wysokiej rozdzielczości. Wyżej znajduje się obraz MB z Dzieciątkiem, a na samym szczycie rzeźba św. Michała Archanioła strącającego szatana. Obok ustawiono ołtarz Jasnogórskiej Matki Kościoła (patronki sanktuarium) z ok. 1710 r. z obrazem MB Częstochowskiej z 1998 r. i wizerunkiem Jasnej Góry.
Ołtarz św. Pawła Pierwszego Pustelnika (patrona zakonu paulinów) pochodzi z ok. 1750 r., zaś obraz patrona z 2000 r. Kaplica św. Jana Pawła II i bł. Stefana Wyszyńskiego pochodzi z 2012 r. Ołtarz Jezusa Miłosiernego z ok. 1710 r. z obrazem z 2016 r. Kaplica św. Mikołaja (patrona parafii) zawiera ikony z lat 2010-13. W ołtarzu św. Józefa z ok. 1710 r. po lewej znajduje się Św. Rodzina z obrazem Śmierć św. Józefa. Ołtarz św. Judy Tadeusza z ok. 1710 r. z obrazem prawdopodobnie również dokończonym przez Willmanna. Patron spraw beznadziejnych stoi z księgą w ręku pod murami miasta Suanir w Persji, w tle widać scenę jego męczeństwa, kiedy razem z św. Szymonem został zatłuczony kijami przez perskich pogan. Obraz Sancta Maria Specioza z 1542 r. w górnej części, pochodzi z Ratyzbony, gdzie został w 1725 r. uznany za cudowny.
Pozostałe dwa ołtarze boczne pochodzą z ok. 1740 r. Ołtarz św. Antoniego z figurą świętego z 2. poł. XVIII w. Ołtarz Ukrzyżowania z ok. 1710 r. W 2010 r. na strychu kościoła odnaleziono kolejny obraz Willmanna z ok. 1690 r. Przedstawia św. Jana Kapistrana, trzymającego krucyfiks i chorągiew, a w tle płonące stosy i jeźdźców w orientalnych strojach. Po płomiennych kazaniach włoskiego franciszkanina i inkwizytora w 1453 r. wrocławianie spalili na stosie nie tylko przedmioty zbytku ale też 41 Żydów, zaś resztę wygnano z miasta. Święty nawoływał też do wojen z Turkami i husyckimi heretykami, sprowadził do Wrocławia odłam franciszkanów – bernardynów, a w 1690 r. został kanonizowany. Obraz znajduje się w bocznym ołtarzu po prawej stronie.
Obrazy ze stacjami drogi krzyżowej pochodzą z ok. 1730 r. Zachował się prospekt organowy z lat 1750–52 autorstwa Josepha Eberhardta ze Zgorzelca. Organy pneumatyczne zbudował w 1997 r. Antoni Szydłowski.
